این قانون به لحاظ شاکله تشکیلاتی بر دو رکن اساسی بنا شده بود: شورای عالی رفاه و تأمین اجتماعی؛ وزارت رفاه و تأمین اجتماعی. گرچه مطابق این قانون تأسیس وزارت رفاه و تأمین اجتماعی پیش‌بینی شده و در سال اجرای اول قانون نیز این مهم محقق شد، اما در سال ۱۳۹۰ حسب تصمیم مجلس شورای اسلامی وقت، این وزارتخانه با دو وزارتخانه «کار و امور اجتماعی» و «تعاون» ادغام و منجر به تأسیس وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی شد.
با این حال، شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی به‌عنوان اولین و مهم‌ترین رکن از ارکان قانون ساختار نظام جامع همچنان باقی ماند و طی قریب به ۲۰ سال از حیات و فعالیت خود برخی مصوبات کلیدی را نیز برای تنظیم‌گری بخش‌های مختلف نظام حمایتی، بازنشستگی و تأمین اجتماعی تصویب کرده است. این شورا به سبب آنکه با ریاست شخص رئیس‌جمهور و دبیری وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی تشکیل شده و وزرا و رؤسای ١٠ وزارتخانه، سازمان و نهاد حمایتی اصلی کشور عضو آن هستند، جایگاهی بی‌بدیل در سیاستگذاری رفاهی کشور دارد. مطابق قانون ساختار نظام جامع، وظایف مهمی از جمله «هماهنگی سیاست‌های اجتماعی»، «تعامل با شورای اقتصاد و سایر شوراهای فرابخشی برای حل مسائل‌ اجتماعی»، «بررسی، اصلاح و تأیید سیاست‌های رفاه و تأمین اجتماعی»، «بررسی، اصلاح و تأیید بودجه سالانه رفاه و تأمین اجتماعی» و «پیشنهاد ضوابط کلی نحوه مدیریت وجوه، ذخایر و سرمایه‌گذاری‌های‌ دستگاه‌های اجرایی، دولتی و عمومی و صندوق‌های فعال در ‌قلمروهای مختلف» به شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی محول شده است. به‌علاوه، مطابق ماده (۵۷) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، این شورا اختیار راه‌اندازی شوراهای راهبردی-تخصصی در حیطه وظایف خود را داشته و مصوبات آن با تأیید و توشیح رئیس‌جمهور قابل ابلاغ به تمامی دستگاه‌ها است.
 اختیارات ذکرشده و جایگاه فرادستگاهی و فرابخشی اعطاشده به این شورا، آن را در موقعیتی بی‌بدیل برای ایفای نقش تنظیم‌گری رفاه و تأمین اجتماعی قرار می‌دهد. با این حال، ایفای این وظیفه طی دو دهه اخیر با چالش‌هایی نیز مواجه بوده است. با عنایت به اینکه شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی عهده‌دار وظایف و تکالیف کلیدی برای تنظیم و بهسازی نظام رفاه و تأمین اجتماعی کشور در سطح کلان، حفاظت از حقوق و حداقل رفاه برای آحاد جامعه از جمله اقشار کم‌درآمد و محرومان، تقویت عدالت و توانمندسازی گروه‌های هدف می‌باشد، بدیهی است برگزاری منظم جلسات، همچنین پیگیری مصوبات شورا از دستگاه‌های مرتبط تا حصول نتیجه از جمله اقدامات کلیدی در راستای رفع بخشی از چالش‌های این شورا محسوب می‌شود.
 این شورا در دهه ۱۳۹۰ مصوبات مهم و کلیدی نظیر «آیین‌نامه(ضوابط کلی) نحوه مدیریت وجوه، ذخایر و سرمایه‌گذاری‌های دستگاه‌های اجرایی دولتی و عمومی غیردولتی فعال در قلمروهای مختلف نظام تأمین اجتماعی» (۲۴ شهریور ۱۳۹۸)، «سند ائتلاف ملی نظام مراقبت اجتماعی دانش‌آموزان» (۱۶ آذر ۱۳۹۴) و «الزام وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی به ارائه طرح به‌منظور حمایت از کودکان فاقد هویت رسمی» (۱۶ آذر ۱۳۹۴) داشته که برخی از این مصوبات تحقق یافته و زمینه‌ساز بهبود نظام مراقبت و حمایت در کشور بوده و برخی دیگر نظیر ضوابط کلی نحوه مدیریت وجوه، ذخایر و سرمایه‌گذاری صندوق‌ها، نیازمند پیگیری‌ها و اقدامات مستمر تکمیلی است.
 در فقدان ایفای نقش فعال شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی، طی این سال‌ها برخی وظایف این شورا بر عهده دستگاه‌های دیگر قرار گرفته است. به‌عنوان مثال، همان‌گونه که ذکر شد بررسی، اصلاح و تأیید بودجه سالانه رفاه و تأمین اجتماعی جهت پیشنهاد به هیأت وزیران جزو وظایف شورای عالی رفاه بوده است. اما به سبب عدم‌ ابتکار عمل در این زمینه، عملاً بار آن بر دوش سازمان برنامه و بودجه قرار گرفته است. همچنین ایفای وظیفه «هماهنگی سیاست‌های اجتماعی» مستلزم مدخلیت و اقدام مؤثر شورای‌عالی برای ایجاد پیوند میان اجزای پراکنده و چندپاره نظام رفاه و تأمین اجتماعی و ایجاد هم‌افزایی و هماهنگی حداکثری بین دستگاه‌ها و نهادها و بنیادهای فعال در عرصه رفاه و تأمین اجتماعی است که تا تحقق این مهم، مسیر درازی در پیش است و فقدان آن امروزه در اجرای برنامه‌های متعدد و موازی هم‌پوشان کاملاً محسوس است؛ سنگ‌بنای این هماهنگی نیز باید توسط شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی گذاشته شود.
همچنین کشور امروز با مسائل و معضلات جدی در زمینه پایداری صندوق‌های بازنشستگی مواجه است و حل این معضلات مستلزم همکاری نزدیک بین‌دستگاهی برای تنظیم‌گری صندوق‌ها به شیوه‌ای مطلوب است.
 با توجه به رویکرد تحولی دولت سیزدهم و تمرکز جدی بر سیاست‌های کلی تأمین اجتماعی ابلاغی مقام معظم رهبری این ضرورت بیش از پیش در وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی به‌عنوان مأمن و محل استقرار دبیرخانه شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی حس می‌شود که نسبت به فعال‌سازی این شورا و اقدامات لازم برای استفاده از ظرفیت‌های بر زمین‌مانده آن برای بهبود نظام رفاه و تأمین اجتماعی و تحقق گفتمان عدالت اجتماعی دولت مردمی اقدام کند که این مهم ‌اکنون در دستور کار معاونت رفاه و امور اقتصادی به عنوان متولی دبیرخانه این شورا قرار دارد و انتظار می‌رود در سال‌های پیش رو شاهد فعالیت و پویایی شورای‌عالی رفاه و تأمین اجتماعی باشیم.